Gossip Coder
What I Am Coding? What I Will Get?
近期Cytoscape安装插件出错的解决办法
Mar 22nd
在Cytoscape的邮件列表里面看到不少咨询插件安装出错的求助贴，我也收到了国内用户发来的邮件。
用插件管理器安装插件时可能会遇到如下错误：
cytoscape.actions.
PluginManagerAction$ManagerAction[ERROR]:
cytoscape.org cytoscape.org java.net.UnknownHostException:
cytoscape.org at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connect(Unknown
Source) at java.net.PlainSocketImpl.connect(Unknown Source) at
java.net.Socket.connect(Unknown Source) at
sun.net.NetworkClient.doConnect(Unknown Source) at
sun.net.www.http.HttpClient.openServer(Unknown Source) at
sun.net.www.http.HttpClient.openServer(Unknown Source) at
sun.net.www.http.HttpClient. (Unknown Source) at
sun.net.www.http.HttpClient.New(Unknown Source) at
sun.net.www.http.HttpClient.New(Unknown Source) at
sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getNewHttpClient(Unknown
Source) at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.plainConnect(Unknown
Source) at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.connect(Unknown
Source) at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getInputStream(Unknown
Source) at cytoscape.util.URLUtil.getBasicInputStream(URLUtil.java:107)
at cytoscape.util.URLUtil.getInputStream(URLUtil.java:71) at
cytoscape.plugin.PluginFileReader. (PluginFileReader.java:45) at
cytoscape.plugin.PluginManager.inquire(PluginManager.java:326) at
cytoscape.plugin.PluginManagerInquireTask.run(PluginManagerInquireTask.java:77)
at cytoscape.task.util.TaskWrapper.run(TaskManager.java:160)
cytoscape.org cytoscape.org java.net.UnknownHostException:
cytoscape.org at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connect(Unknown
Source) at java.net.PlainSocketImpl.connect(Unknown Source) at
java.net.Socket.connect(Unknown Source) at
sun.net.NetworkClient.doConnect(Unknown Source) at
sun.net.www.http.HttpClient.openServer(Unknown Source) at
sun.net.www.http.HttpClient.openServer(Unknown Source) at
sun.net.www.http.HttpClient. (Unknown Source) at
sun.net.www.http.HttpClient.New(Unknown Source) at
sun.net.www.http.HttpClient.New(Unknown Source) at
sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getNewHttpClient(Unknown
Source) at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.plainConnect(Unknown
Source) at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.connect(Unknown
Source) at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection.getInputStream(Unknown
Source) at cytoscape.util.URLUtil.getBasicInputStream(URLUtil.java:107)
at cytoscape.util.URLUtil.getInputStream(URLUtil.java:71) at
cytoscape.plugin.PluginFileReader. (PluginFileReader.java:45) at
cytoscape.plugin.PluginManager.inquire(PluginManager.java:326) at
cytoscape.plugin.PluginManagerInquireTask.run(PluginManagerInquireTask.java:77)
at cytoscape.task.util.TaskWrapper.run(TaskManager.java:160)
问题的原因是最近Cytoscape.org没法解析到Cytoscape的服务器上。所以解决方法很简单，有人在Cytoscape的邮件列表里面给出了解决方法：
* 在Plugin Manager中点击[Change Download Site]
* 点击[Edit Sites]
* 选择列表中的 “Cytoscape” ，列表中应该只有这一个网站
* 点击Edit
* 把原来的地址: http://cytoscape.org/plugins/plugins.xml，改成：
http://www.cytoscape.org/plugins/plugins.xml（就是在cytoscape前面加上www.就行了）
这样Cytoscape就不会报错了
书单，2010年3月22日
Mar 22nd
以前就有跟joyfire学来的拉书单的习惯，每次读了什么书，买了什么书（买了不等于读了）都喜欢到自己的博客上显摆一下。在美国混了几个月，博客的服务器也出了问题，这个习惯就丢下了。
其实在美国比较无聊，看了不少书，不过大部分都是在ipod touch上看的，实体书就只有这么几本了。有图有真相！
books
前两本是Perl的书籍。O REILLY出的Perl书籍，必属精品。Practical Mod_perl应该是讲mod_perl的最权威的书籍了，不过我做的网站太简单，只是简单的CGI就搞定了。翻这本书只是借鉴点思想，顺便为以后的项目做点知识储备而已。Mastering Perl for Bioinformatics，书名看上去很诱人，里面的内容也还算不错。在讲perl的基础知识之外，举了很多在Bioinfo领域的应用实例。不过，Bioinfo这个行当变得太快了，这本书给生物背景的bioinfo新手读读还是很不错的，如果是计算背景的人来读就有点跟不上时代了。
丹布朗的小说，The Lost Symbol，类似于达芬奇密码的扯淡小说。学英语外加消磨时间。
Advanced Programming in UNIX Environment 第一版，绝对的牛书。在College Station的Half-price书店找到的，9.99美元就搬了回来。争取把它搬回国。
最后一本是纯生物学的书，划分组织特异性蛋白质相互作用时搞不清楚怎么给组织分类，就把实验室书架上的这本书翻出来了。略看皮毛而已。
Galveston街头掠影
Mar 20th
Galveston街头的教堂
像Galveston这样的美国小镇，街头最好的建筑物通常都是教堂。
Galveston Sacred Heart Church
这座纯白色的建筑是Galveston最有名的教堂。
Bishop's Palace
Bishop’s Palace与Scared Heart教堂隔街相望。这座维多利亚风格的建筑物被美国建筑师协会评选为美国历史上最重要的100座建筑之一。赫赫有名啊，到Galveston必去的地点。它的地下室就是Galveston的旅游信息中心。
Late Victorian Moody Home
Moody是Galveston上的大家族，在岛上有无数的资产，诸如公园、博物馆、纪念馆等等，UTMB也有数座建筑物是以该家族的成员命名的，包括我现在所在的这个Moody Basic Science Building。每天等电梯时都能看到牛人的头像。所以，他moody家的房子，自然也不是寻常物。
Unknown Building Galveston
Galveston街头一幢不起眼的房子，或许去翻翻Galveston的建筑手册，会发现它也是大有来头。房子上的水渍，或许也向路人述说了这个小岛跟飓风的斗争史。
John Sealy Hospital
终于上了一张UTMB的照片，John Sealy医院大楼。跟Moody家族一样，Sealy家族也是Galveston的名门望族，光是UTMB的医院就有好几个是以该家族成员命名的。
Galveston
Galveston街头的雕塑，没仔细研究其历史了。
sunset
Galveston上的落日余辉～～
Go浅入浅出
Mar 12th
Go！依稀记得有一个很有名的象棋软件叫Go，不过这篇文章跟象棋无关，我的象棋水平也一直停留在小学三年级。
Go是去年十月份发布的一款系统编程语言。不过新的编程语言没什么好稀奇的，这年头，编程语言多如牛毛，整体水平也只是略微比两会的提案水平高一点。不过Go的来头很大，它爹是Google！Google，你知道吧，它在美国模仿了百度，发了大财。不过这哥们的亲兄弟，谷歌，在天朝混得不怎么样，听说正在打包行李，准备回美国。有个好爹很重要，这点在全世界都通行（例如小布什就有个好爹能当总统，薄瓜瓜有个好爹能上伊顿公学，薄瓜瓜的爹也有好爹……）。Go有了个有钱的爹，所以刚满百日就当选了Tiobe的2009年年度编程语言，排名不断攀升，火爆程度仅次于犀利哥，已经跟高数哥平起平坐了。但作为我这样一个跟包小柏老师一样有内涵的选秀评委，对于Go这种纨绔子弟，是不看好的，三五年之类成不了气候。所以想投靠Go方便找工作的，暂时可以跟小谷一起回美国了，天朝不是你待的地方。今天，哥介绍的不是编程，是寂寞。
Go官方网站：http://golang.org，内有教程、手册、视频（看不到？不会翻墙还在天朝混？）等等。Go非官方中文社区：https://groups.google.com/group/golang-china，有百姓喜闻乐见的论坛、邮件列表、中文教程等等。
虽然说Go的窜升速度能达到70码主要是因为他爹，但其自身还是有一些闪光点的：
- 快速编译
- 高效地解决了代码间的依赖关系
- 具有很多动态语言的特性
- 垃圾收集、并行
- 对多核处理器的良好支持
基因好，还要考虑发育时间、翻译后修饰、环境因素、突变、拷贝数等等诸多因素，所以Go也有一些不可忽视的缺点：
- 库太少，少得可怜
- 文档严重缺乏，缺乏到可耻
- 对Windows支持不佳
- 没有典型的杀手应用出现
- ……
道路是曲折的，前景是光明的，娶凤姐是伟大的，学Go是寂寞的。
从Brian W. Kernighan大牛和Dennis M. Ritchie大牛写C语言葵花宝典以来，江湖武学秘籍就流行用Hello, world!开张。但，我是有个性的，绝不会干这种庸俗的事情，看我的：
1 package main
2
3 import “fmt”
4
5 func main() {
6 fmt.Println(“世界，你好！”)
7 }
保存为hello.go，然后编译：
6g hello.go
链接：
6l hello.6
运行：
./6.out
结果：
世界，你好！
果然是有个性啊！哥是不吹牛的。先丢在这里吧，老板来了，下次再来说明每一行是啥意思，以及如何安装Go的开发环境。
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