Gossip Coder
What I Am Coding? What I Will Get?
Galveston的海滩
Jun 20th
“面朝大海，春暖花开”，常常被真真假假的文艺青年念叨着，由此见得海是个好地方。Galveston是个破烂的小岛，但正因为它是个小岛，所以海洋成了这个小岛上生活不可或缺的一部分。
今天下午在实验室跑了一堆计算，结果不错，于是早早的回家做饭——土豆炖牛肉、芦笋炒熏肉、清炒豆芽。吃过晚饭，为了促进消化，便跟宋老师一起往海边散步，出门前顺手抓上了相机。
步伐
我觉得这张照片很适合当宋老师电脑的桌面背景，待会回去向他推荐一下。
北美大陆上两个中国男人的影子
做人难！作男人难！作中国男人更难！做在北美的中国男人是难上加难！更何况还是两个～～
面朝大海
人鸟共处，和谐啊！
我飞！
我是一只小小鸟，想要飞呀飞，一下子就飞很高～！
不是说海里有珍珠吗？我怎么没找到？
这个，不评价了～
老干妈烧豆腐
Jun 15th
老干妈烧豆腐
继续分享做菜经验，老干妈烧豆腐。
1. 原料：豆腐：沃尔玛的tofu（靠，谁翻译的，估计是小日本）一般有firm和soft的区别，两种都可以拿来烧着吃，但我更偏向于使用soft的，所谓嫩豆腐；老干妈辣椒酱，各大中国城超市有卖，在休斯顿地区首推惠康；牛肉或猪肉一块，稍带肥肉的，但只要有一点点就行；葱；干辣椒；盐；少量芡粉；老抽；
2. 肉切成碎末，加少量芡粉，酱油，盐，搅拌。炒锅内加油，烧热，然后把碎肉末炒到上色均匀。如果是上好的不粘锅，也可以不放油。炒好后乘出备用。
3. 锅内加油，烧热，中火，放入切成小块的豆腐，慢慢煎，慢慢翻动，不可心急。否则就全成豆腐渣了。同时加入盐、老抽、老干妈、干辣椒。
4. 待豆腐炒熟后，把之前炒好的肉末倒进去一起炒。
5. 最后关火，放入香葱末，翻炒几下，出锅！
大工告成～～
如果对麻味有兴趣的同学也可以在炒豆腐的时候加入花椒，味道也很不错。
再次申明，protocol纯属自创，仅供参考，欢迎来意见和建议。
陈氏乱炖猪脚
Jun 13th
陈氏乱炖猪脚
这个菜名很有气势吧，照片看上去也不错，JPG直出啊。昨晚做好后消灭了一小块，今天中午我消灭了两块，宋老师消灭一块，还剩两块是今晚的晚餐。味道还算不错，算是正统的猪脚吧。protocol纯属自创，仅供参考：
1. 原料：沃尔玛买来的猪脚一盒；生姜一块；李锦记老抽；白糖；盐；干辣椒；料酒；
2. 把猪脚洗过后放入煮锅中加水小火慢煮，时间两小时——这个具体时间应该取决于猪脚的数量、锅子的大小、水的多少等等。为了防止猪脚不入味，我索性在水里面加了盐——不至于盐水煮两个小时还不入味吧。
3. 两小时后，猪脚差不多煮烂，用锅铲很容易将猪脚上的猪皮戳烂。然后在炒锅中加入少量油，放入生姜等调味料爆锅。把猪脚从煮锅中捞出，放入炒锅中，加酱油、辣椒、料酒，加少量的水慢慢烧。不停的翻动猪脚，保证猪脚上色均匀。
4. 收汁后起锅。先把猪脚放入盘中，然后撒上香葱，最后把国内的汤汁浇上。完工！
看了Yihui同学博客的菜谱后，决定也积攒一下自己的自创菜谱，留作纪念。
有图有真相，多上几张图，显摆一下。
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- 陈氏乱炖猪脚
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- 换个角度，还是猪脚！
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- 正在烹制的陈氏猪脚
卓越购书记录
Jun 9th
前段时间在卓越上买了一堆书，寄回家了。其实中间有些已经读过电子版了，算是支持一下作者吧。
我的奋斗：
老罗的扯谈书籍，有钱闲着，或者对老罗很有兴趣的人可以买来读读。不过读完了也没觉得有太多意思，可能是因为其中的绝大部分内容都已经在其之前的演讲和录音中听过了。
算是比较有意思的一本书。整本书的内容大部分是精神病人的对话记录，各种各样的精神病人。但书的缺点也同样明显，罗列了大量的对话，分析和讨论却太少了。作者自称并不是精神科医生，可能正因为如此才无法提供足够深入的讨论和分析吧。卓越暂时处于缺货状态，足以说明这本书还是值得看看的。
茨威格的小说：
看了那多的《百年诅咒》的后果，先是在维基上读完了茨威格、佛洛依德等有关的条目，然后就开始搜茨威格的小说，一次买了三本：《人类群星闪耀时》、《昨日的世界：一个欧洲人的回忆》、《茨威格中短篇小说选》。茨威格的小说深受佛洛依德的精神分析法的影响，对人物，尤其是女性的角色的刻画非常的细微。不过，这三本书我都还没读过，等我读完了再来发表感想吧。
根据我的Stanza的记录，最近还看了南派三叔的黄河鬼棺和大漠苍狼等扯谈小说，质量明显不如盗墓笔记，不详谈了。
力推国产情景喜剧《天剩我才》
Jun 7th
天剩我才
若干周之前在某个网站上看到了国产的情景喜剧《天剩我才》。上海戏剧学院的一帮学生，外加若干志愿者一起搞出来的片子。片子的架构有点像The Big Bang Theory，但主创已经发了博文说，这是最开始几集的假象而已，请大家淡定。虽然还有些粗糙，虽然对白情节还有点生硬，不过相对于大部分的所谓国产力作来说，已经非常值得一看了。我觉得芒果台应该把这个片子买下来，提供资金，然后在芒果台播放，把一小部分的广告分成给剧组，应该是一笔很划算的买卖。
电驴下载+介绍：
http://www.verycd.com/topics/2821742/
剧组的博客：
http://blog.sina.com.cn/tianshengwocai001
人人影视的论坛：
http://www.yyets.net/forum-661-1.html
下面这句话是为了参加乐铺活动的，请大家无视：
乐铺活动验证
ISBRA 2010会议记录
May 28th
匆匆地去了一趟UCoon参加ISBRA 2010会议，稍作记录。
23号上午11点的飞机，从Hobby机场起飞，到亚特兰大，然后再转机到Hartford。在从Hobby飞到亚特兰大的飞机上复习要讲的论文，边上的哥们凑过来问我在研究什么东西。然后接下来的时间就在闲聊中度过，下飞机前给我留下Facebook的帐号。Facebook果然强大～转机后认真看论文，按下不表。
5点半左右抵达Hartford的BDL机场，在麦当劳搞了一个BigMac，算是晚餐。然后去找组委会派来的车。跟司机闲聊，“你们中国人买了沃尔沃”“恩，是的”“你们是不是什么都要买啊”“恩，这个……”
顺利抵达UCoon，领取了自己和老板的两份注册材料，然后休息。
24号会议开始，Keynote，然后分组。茫然的做完两篇论文的报告，回答了大概8个问题——我竟然听懂了每个问题，恩，这个很满意，尽管报告做得很一般。然后是美国盒饭，继续听报告。
晚上组委会安排去海边的餐厅吃新英格兰地区的特色，大龙虾！美味，赞！
25号，一天会议。会议晚宴上我再次上台，介绍明年在中南大学举办的ISBRA 2011会议。发现自己嗓门真够大，偌大一个餐厅，不要麦克风也行！反响不错。
26号，最后半天。UCoon的MI Tian同学带领我和LIU Bo及他的女朋友一起去边上的州立公园餐馆。然后去他家看看。传说MI Tian同学和其夫人因一副关于当年狮子座流星雨的对联而结缘，传奇啊。中午在UCoon校园边上的中餐厅吃饭。
午餐过后，赶飞机，杀回Galveston！
开会也够累的，晚上12点才到家。整理好东西，已经两点了，睡到早上8点多去实验室。结果晚上六点多再回家的时候，一沾床就睡着了，一觉到天明，错过老婆大人的电话和QQ消息无数。
期待下一次出行，7月，波士顿 ISMB 2010！
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- UCoon校园最爽的一点就是校园内是大片的草地，外面就是大片的森林
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- 大海，小船，蓝天，还有一个小小的月亮
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- 一只虾，一餐饭！
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- 好激动啊，这么大的龙虾！
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- 这应该算是UCoon的标志建筑了
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- LIU Bo, MI Tian, WU Yufeng & student, CHEN Gang
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- 为啥我穿成这样还是个小屁孩的形象呢？
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- UCoon边上的一个水库
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- Liu Bo&GF, Mi Tian和我在一个小小的州立公园的合影
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- UConn的美丽校园，蓝天白云绿草地
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- 陪我飘洋过海的背包和拉杆箱
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- Hartford BDL机场外喜来登酒店门口的旗子
常用的VIM插件列表
May 7th
也不记得是什么时候上的VIM这艘贼船了，估计当初是以Zhuangbility为出发点的。不过既然是贼船，上来了就不容易下去。也曾多次想转到Gedit、Emacs、SciTE、Notepad++上去，不过总是转悠了一下，就又转回到VIM上了。唉，我这么专一的男人不多了。
整理一下自己最近常用的VIM插件：
Taglist：最近一次更新是2007年，不过三年没有更新的东西，依然在vim的插件下载次数排名上高居榜首，所谓神器，不过如此。用来根据一定的规则显示代码中的函数、全局变量之类的东西。用VIM的码农必备！
SuperTab：自动补全是个好功能，不过很多自动补全功能都很强大，同时也很复杂，这个正好够我用。
perl-support：搞Bioinfo的人多多少少都要写点perl吧，何况是我这种CS背景的。
snipMate: 很长时间都不曾理解Code Snippets的概念，后来用二十分钟学习了一下snipMate，终于迷上了这玩意。对于码农来说，真是必备啊！VIM有好几款Code Snippet的插件，snipMate算是比较简单的一个，功能足够满足我的需求。
Voom: 用VIM打开的最多的一类文件不是C代码，也不是Perl，而应该是纯文本文件。Voom为VIM提供了类似word的大纲视图的功能，非常适合编辑较长的文本，或者是记笔记之类的（恩，也适合拿来看小说～）
Vim-R-plugin2：R user必备，没太多选择。
先记录这些，慢慢来扩展更新吧。谁有很么好的插件，希望能推荐给我～
2010年4月30日，电子书单
Apr 30th
为了庆祝SB会开幕，同时也根据Liuming同学的建议，特来显摆一下最近读过的电子书。
阅读记录来源：ipod touch上GoodReader和Stanza的最近阅读记录。岔开一下，看到新闻说智器V7降价了，回去之后把ipod touch给老婆大人，我换个V7看书应该会更爽。
全方位揭秘中国文物市场真相：谁在收藏中国 吴树，山西人民出版社
正在读的书。纯属《盗墓笔记》看多了，才会对这个书感兴趣。重点是写了北京潘家园旧货市场的一些轶事，没事的时候（譬如上厕所）读读还是挺有意思的。还没读完，评价不全面。
中国人史纲 柏杨
顶级好书啊。首先确定了什么人是中国人，那些区域叫中国，然后以此为中心，以公元纪年展开了几千年波澜壮阔的历史画卷。遗憾的是，整部书到1900年就嘎然而止，不要误解这是我党的杰作，只是柏杨老先生觉得1900后事情离我们太近，还不能评说。而柏杨老先生也已于2008年逝世，我等晚辈是没有希望看到他老先生笔下的20世纪和21世纪了。
不过既然是历史书，总会包含进作者的个人情感，这是毋庸置疑的。例如，书中定义了中国的三个黄金时代：西汉文景之治，唐代贞观之治，清朝康乾盛世，这就有着无穷的争论；然后老先生坚决地否定了儒家思想，尤其是朱熹一派；而汉人的最后一个王朝，明朝也被认为是一个的黑暗时代，给后世带了无尽的消极影响。不少东西有待商榷，单整本书无疑是一本绝佳的历史读物，强烈推荐。
很有兴趣再去把老先生的另外三部历史书籍《中国帝王皇后亲王公主世系录》、《中国历史年表》和《中国历代官制》弄来阅读。
草样年华2、3 孙睿
恩，基本上属于消耗时间的青春小说。不过算是不错，比那些连消耗时间的功能都没有的小说强多了。
生物学思想发展的历史 恩斯特 迈尔 The Growth of Biological Thought Ernst W. Mayr
读这本书的时候，只是在读书，只是觉得作者够虚幻的，研究这种东西。为了能在这里多写几个字，去Google了一下这本书，和作者。于是，发现，这哥们原来是个大牛。
Ernst Mayr，德国人，后移居美国。20世纪最伟大的进化生物学家之一，美国科学院院士。2005年逝世，当时Science和Nature上均有纪念文章。在进化学、分类学等等方面都有卓越的贡献，晚年开始研究科技哲学。这本书应该就是其晚年的研究成果。
书的内容其实挺偏门的。物理学和数学长期以来都是科技哲学的研究对象，而后起的生物学只是成为了其中的特例。书中首先就列举了大量的实例和讨论，说明了生物学的特殊性。有一句话音像很深，大概的意思是：物理和数学中，所有事务都有规律可循，但生物学中任何所谓的规律都有例外。那用数学和物理的理论方法去研究生物，能有结果吗？计算生物学的根基轰然倒塌～～～当然，只是我故意的误解而已。作者指出了，这可能要归咎于生物的极端复杂性和动态性。所以，计算生物学还是有希望的～（不然，我靠什么毕业啊）
盗墓笔记 南派三叔
恩，典型的扯淡小说，单扯得很不错。有闲暇时间的同学可以读读。此类书记就不详述了。
刘慈欣科幻作品集 刘慈欣
一部电子书合集，大刘是没有正式出版过这么全的作品集的。喜欢大刘的同学可以收藏阅读。不过为了支持国产科幻，还是建议大家买几本正版书。
天机1-4 荒村 荒村公寓 荒村归来 蔡骏
都是扯淡书籍，扯得还可以。
Java编程思想 Thinking in Java
Core Java Vol 1 Fundamentals 8th edition
Practical mod_perl
CGI programming with Perl
都是些耳熟能详的技术书籍，不多说了。
闲扯一下看书的设备吧。我最近用得最多的看书设备是ipod touch，软件是前面提到过的Stanza和GoodReader，前者适合看社科类和文学类作品，后者是看PDF的，适合技术类的资料。Ipod Touch看书很方便，尤其是用Stanza看文学类的作品，单对于技术类，尤其是含有大量公式和代码的书籍，就显得不合适了。屏幕太小～～对ipad有点兴趣了，不过根据俺的财力，还是智器V7比较实在～纯黑白的电子书，暂时还没能引起我的兴趣。
Photots from Medical Research Building, UTMB
Mar 27th
Bishop Palace
从MRB 11楼俯瞰Galveston
Library, UTMB
小小的图书馆
Galveston
RSPerl：在Perl里面调用R
Mar 25th
R和Perl是我最常用的两个干活工具，Perl用来处理数据，R用来分析数据，配合得很不错。不过最近需要在R里面做简单的K-means聚类分析，然后再根据聚类分析的结果处理一大串文本数据。基本方法当然是先写一个perl脚本处理数据，然后写一个R脚本来作聚类分析，最后写一个Perl脚本根据聚类分析结果处理文本数据。Perl当然也能作K-means聚类，不过我比较懒，不想自己写；CPAN上那个K-means聚类的模块折腾了一下，发现远不如R内置的kmeans函数好用。于是将就着这个土鳖方法折腾了两天。今天发现，我还有若干个地方要用到聚类分析，这个土鳖方法会让我不得不写出一大堆的脚本才能完成工作，而且我还得记住每个脚本的用途，以及运行的顺序，崩溃～～
Google了一下（PS，百度一下能找到COS上的帖子），第一个搜索结果就是http://www.omegahat.org/RSPerl/。一个古老的包，为Perl提供了调用R的接口。
安装RSPerl
我的系统：Ubuntu 9.10，64位。先要安装Perl的开发文件，待会编译RSPerl的时候需要。
sudo apt-get install libperl-dev
然后去http://www.omegahat.org/RSPerl/下载最新的RSPerl，我下载的是RSPerl_0.92-1.tar.gz。然后在下载目录中运行：
sudo R CMD INSTALL --configure-args='--with-in-perl' RSPerl
然后解压这个压缩包，切换目录：
cd RSPerl/src/
运行：
perl Makefile.PL make -f Makefile.perl sudo make -f Makefile.perl install
搞定！这是我的安装方法，跟官方网页上介绍的不一样。我根据官方网页上的方法装不上去，奇怪～～最近RP有问题。好了，RSPerl就算是安装好了。
K-means聚类分析
先看代码：
use R;
use RReferences;
use warnings;
use strict;
&R::initR("--silent");
my @x = &R::eval('kmeans(c(2,23,23,12,123),2)$cluster');
print join("\n",@x);
运行结果：
1 1 1 1 2
收工，回家睡觉！
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