会议开完了，该做点记录了。先说说关于Cytoscape的一些东西，其它的八卦会另外写，波士顿的游记也会另外写。以下内容以时间为序。

9号在ISCB student council举办的Scientific Speed Dating上遇到了多伦多大学的大牛，Gary Bader。Bader，Cytoscape最活跃的Director之一，从他实验室走出来的Cytoscape插件有MCODE，NetMatch等等，Cytoscape Web也是。2010年，到现在为止，有两篇Nature，一篇Science，其它的论文就不说了。Google也曾经邀请Bader去介绍生物信息学的知识。总而言之，就是个大牛。7、8分钟的交流显然是觉得不爽的。Bader一方面在网络的分析方法、可视化等方面很活跃，一方面在基于生物网络的癌症研究上也投入了很多。同样，Bader也在关注生物网落的动态特性，相互抑制的东西是不能同时出现在网络中，融合多种数据有可能是解决这个问题的一个途径。最后问了个很傻很天真的问题，如何解决生物网络数据的低可靠性问题？Bader通常的做法是，集成多个数据库，选择那些有多篇文献报道的相互作用。很简单，很常见的方法，大牛在这方面也没什么太多的手段。

11号，大会的第一天下午，Scooter Morris在Technology Track上介绍了最新的Cytoscape 2.7.0，以及将在Cytoscape 2.8.0中实现的新功能，我感兴趣的有两个：

  • 用户自定义节点图片；
  • 在节点中显示数学公式；Update Aug 10, 2010: 这里写错了，其实是可以用数学公式对节点和边的属性进行处理

随后，Gary Bader介绍了Cytoscape Web。一个基于Flash的复杂网络工具，提供了丰富的Javascript接口，可以很方便的在网页上展示复杂网络。

12号下午，Gary Bader介绍了Gene MANIA项目。GeneMANIA项目是Bader和Morris两个大牛一起主持的项目，一个对基因的功能相关性进行分析的平台。

13号上午，在Special Session: Visualization of Biological Networks上，各路大牛各显神通。Gary Bader再次介绍了如何用Cytoscape分析生物网络，细节不说了。很有意思的是，在IBM的研究员Frank van Ham的报告后，Bader提了一个有趣的idea：生物网络的显示能否像Google Map那样，在缩放的过程中显示不同层次的信息？很有意思的问题，我想到的是把简单的层次化聚类算法和静态的生物网落，外加Gene Ontology的注释信息结合在一起，似乎可以在某种程度上实现这个功能。

Gary Bader最后还主持了一个关于Cytoscape的讨论会，但因为要赶飞机，没能参加。